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Les liens entre institutions montpelliéraines et africaines sont anciens. Il en résulte un dense réseau de collaborations prenant de multiples formes. En matière de recherche, outre les nombreux projets partenariaux en cours, des dispositifs structurants ont été créés en partenariat sur le long terme. Ainsi par exemple, le Cirad est partie prenante avec ses partenaires africains de 13 dispositifs de recherche et de formation en partenariat en Afrique, associant chacun plusieurs organisations nationales, voire internationales, dans les régions d’implantation. L’IRD a co-construit et co-dirige avec les institutions des pays africains 25 Laboratoires Mixtes Internationaux et accompagne via un programme « Jeunes équipes associées à l’IRD » l’émergence ou le renforcement de plus de 32 équipes de recherche en Afrique. Trois des cinq sites de recherche de l’ANRS-Maladies Infectieuses et Emergentes en Afrique sont co-coordonnés par des équipes basées à Montpellier, actives au Sénégal, au Cameroun et au Burkina Faso.

En matière de formation, le site universitaire de Montpellier accueille plus de 5000 étudiants africains chaque année. Des instituts sont spécialisés dans la formation et l’expertise relatives aux problématiques du développement agricole et agroalimentaire durable dans les pays méditerranéens et tropicaux, tels que l’Institut des Régions Chaudes (composante de l’Institut Agro - Montpellier SupAgro) et l’Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier, l’un des cinq centres de formation de l’organisation intergouvernementale CIHEAM. L’ensemble de l’écosystème scientifique montpelliérain se mobilise également pour renforcer les capacités des acteurs institutionnels africains de la recherche, de l’enseignement supérieur et de la formation professionnelle, en lien avec les institutions internationales, à l’exemple du CGIAR dont le siège mondial est situé à Montpellier.